Amaya хранит пользовательские настройки и другие пользовательские файлы конфигурации в директории AmayaHome. В таблице показано, где эта директория находится в разных ОС:
| Архитектура | Размещение Директории AmayaHome |
| Unix | $HOME/.amaya |
| Windows 95/ Windows 98 | AMAYA-INSTALL-DIR\users\username или, если пользователь не выполнил вход/login в Windows, AMAYA-INSTALL-DIR\users\default |
| Windows NT | $HOMEDRIVE:\$HOMEPATH\Amaya\config |
| Windows 2000 | $HOMEDRIVE:\$HOMEPATH\Amaya\config |
| Windows XP | $HOMEDRIVE:\$HOMEPATH\Amaya\config |
Эта директория сохраняется даже при установке новой версии Amaya. В ней могут содержаться следующие файлы:
Примечание:
Файлы amaya.keyboard, amaya.kb и amaya.css загружаются при старте программы. Если Вы их изменили, вы обязаны закрыть и рестартовать программу Amaya, чтобы изменения вступили в силу.